Virusinfektioiden aiheuttamien sairauksien osalta hoidettavien virustyyppien selvittämiseksi voidaan suorittaa seuraavat kaksi tarkastustyyppiä:
1. Itse viruksen suora havaitseminen
2. Se voi havaita antigeenin viruksen pinnalla ja viruksen nukleiinihapon.
Testi tunnisti vasta-aineet, jotka oli tuotettu vastustamaan virusta:
Normaaleissa olosuhteissa antigeenitestaus ei vaadi korkeita laboratorio-olosuhteita, ja se soveltuu pääasiassa laajamittaiseen seulontaan perussairaaloissa; vasta-ainetestaus on helppokäyttöinen ja testitulokset saadaan 10-15 minuutissa. Nukleiinihappojen havaitseminen vaatii monia laboratorio-olosuhteita, ajoittaista henkilökuntaa ja laitteita, mutta tulossivu on herkin ja tarkin.
Kymmenestä uudesta hyväksytystä koronaviruksen nukleiinihapon havaitsemisreagenssista 8 käyttää fluoresoivaa PCR-menetelmää ja loput havaitsemismenetelmät ovat yhdistetty koetinankkuroitu polymerointisekvensointimenetelmä ja vakiolämpötilan monistussirumenetelmä.
1. Fluoresenssi-PCR-menetelmä
PCR-menetelmä viittaa polymeraasiketjureaktioon, joka voi suurentaa DNA:n hiven määrää huomattavasti. Kun sitä käytetään uuden koronaviruksen havaitsemiseen, koska uusi koronavirus on RNA-virus, viruksen RNA on käänteiskopioitava DNA:ksi ennen PCR-detektiota.
Fluoresoivan PCR:n havaitsemisen periaate on, että PCR:n edetessä reaktiotuotteet jatkavat kerääntymistä ja fluoresenssisignaalin intensiteetti myös kasvaa samassa suhteessa. Lopuksi tuotteen määrän muutosta seurataan fluoresenssin intensiteetin muutoksella, jolloin saadaan fluoresenssin vahvistuskäyrä.
Tämä on tällä hetkellä yleisimmin käytetty menetelmä uuden koronaviruksen nukleiinihappojen havaitsemiseen. Seuraavat tekijät voivat kuitenkin aiheuttaa virheitä testituloksissa:
Väärä säilytys tai epäonnistuminen testaukseen: RNA-virukset hajoavat helposti. Siksi potilasnäytteiden saamisen jälkeen ne on säilytettävä standardoidulla tavalla ja testattava mahdollisimman pian. Muuten testitulos on todennäköisesti epätarkka.
Tulosten virhetulkinta: Tällä hetkellä hyväksytyt testituotteet valitaan uuden koronaviruksen genomin avoimen lukukehyksen 1a/b, vaippaproteiinin ja nukleokapsidiproteiinin perusteella. Eri tuotteiden havaitsemisalukkeet ja anturimallit ovat kuitenkin erilaisia, ja yhden kohteen segmenttien, kahden kohteen segmenttien ja kolmen kohteen segmenttien havaitsemisessa ja tulkinnassa on eroja. Siksi, jos tulkintaa ei suoriteta tiukasti eri ohjeiden mukaisesti, se voi johtaa tuloksen väärään arviointiin.
2. Yhdistetty koettimeen ankkuroitu polymerointisekvensointimenetelmä
Tämän havaitsemisen tarkoituksena on pääasiassa käyttää erityistä instrumenttia, jolla havaitaan sekvensointilevyllä olevien DNA-nanopallojen kuljettama geenisekvenssi.
Tällainen havaitseminen on erittäin herkkä, eikä diagnoosia ole helppo jättää väliin, mutta tuloksiin vaikuttavat helposti myös monet tekijät, kuten:
Näytteitä ei testattu ajoissa: Kuten fluoresoiva PCR-menetelmä, tulokset voivat olla epätarkkoja, jos niitä ei säilytetä standardoidulla tavalla ja testata mahdollisimman pian.
Testipaikan huonelämpötila on liian korkea: Tämä vaikuttaa myös testitulosten tarkkuuteen. Myös erilaiset testauslaitteet ja -sarjat voivat vaikuttaa tuloksiin.
3. Vakiolämpötilan vahvistussirumenetelmä
Geenisirun havaitseminen on yksi perinteisistä virologisista diagnostisista menetelmistä. Havaitsemisperiaate on nukleiinihappojen komplementaarisiin sitoutumisominaisuuksiin perustuva detektiomenetelmä, jolla voidaan mitata kvalitatiivisesti tai kvantitatiivisesti eliöissä olevia nukleiinihappoja. PCR:ään verrattuna geenisirulla on korkeampi tarkkuus ja lyhyempi aika, mutta se on myös kalliimpi ja havaitsemisnopeus (aikayksikköä kohti syntyvän datan määrä) on suhteellisen pienempi.
Tällä kertaa hyväksytty termostaattisiru pystyy havaitsemaan kuuden tyyppistä hengitystievirusta, mukaan lukien uuden koronaviruksen. Tulokset saadaan 1,5 tunnissa,
Verrattuna PCR:ään geenisirulla on suurempi tarkkuus ja lyhyempi aika, mutta hinta on kalliimpi ja havaitsemisnopeus (aikayksikköä kohti tuotettavan datan määrä) on suhteellisen pienempi.
4. Viruksen vasta-aineiden havaitseminen
Vasta-aineiden havaitsemisreagensseja käytetään ihmiskehon tuottamien IgM- tai IgG-vasta-aineiden havaitsemiseen sen jälkeen, kun virus on päässyt ihmiskehoon. IgM-vasta-aineet ilmaantuvat aikaisemmin ja IgG-vasta-aineet myöhemmin.
Tällä hetkellä viisi uutta koronaviruksen vasta-ainetunnistusreagenssia, jotka on hyväksytty, käyttävät kolloidinen kulta -menetelmää ja magneettipartikkelien kemiluminesenssimenetelmää.
5. Kolloidisen kullan menetelmä
Kolloidikultamenetelmässä käytetään testaamiseen kolloidista kultakoepaperia, joka on tällä hetkellä usein käytetty pikatestipaperi.
Tällainen testipaperi on erityisesti merkitty ja siinä on reikiä, joita käytetään tutkittavan seeruminäytteen tiputtamiseen. Kolloidisen kullan testipaperilla on kaksi viivaa, joista toista kutsutaan testiviivaksi ja toista laadunvalvontaviivaksi. Jos molemmat viivat ovat värillisiä, se tarkoittaa positiivista; vain laadunvalvontaviiva on värillinen, mikä tarkoittaa negatiivista; näitä kahta tapausta lukuun ottamatta se kuuluu virheelliseen tulokseen.